ちょっとはまったので備忘録。
Visual Studio の ProjectをPackage Reference形式にしているときに、WebJobsへデプロイしようとすると、MSDeployPublishが見つかりません的なエラーが表示されます。
ググってたら、Issueがありました。
当面の回避策としては、以下をcsprojに追加すればOKです。
<Import Project="$(NuGetPackageRoot)Microsoft.Web.WebJobs.Publish\1.1.0\tools\webjobs.targets" Condition="Exists('$(NuGetPackageRoot)Microsoft.Web.WebJobs.Publish\1.1.0\tools\webjobs.targets')" />